Cung đệ nhất thờ Tam toà Thánh Mẫu, bao gồm Thánh Mẫu Thượng Thiên ngồi ở giữa, ngồi bên trái là Thánh Mẫu đệ nhị, bên phải là Thánh Mẫu đệ tam.
Cung đệ nhị thờ Tứ vị chầu bà và Tam toà quan lớn và hai khám thờ quan Hoàng Mười (bên phải) và quan Hoàng Ba (bên trái).
Cung đệ tam thờ Công đồng tứ phủ cùng Bà chúa bản đền.
Đền được xây dựng từ thời vua Lê Cảnh Thịnh (1663 - 1671). Khoảng đời Cảnh Thịnh (1794 - 1800) hội nguyên Trần Gia Du, thiếu tả giám Trần Công Bản đã mở rộng ra. Đến năm Kỷ Mão (1879) đời Tự Đức, quan huyện Lê Kỳ đã sửa lợp lại. Năm Thành Thái thứ 10 (1898) đền phủ bị hư hại nhiều vì mưa gió nên các quan huyện... cùng các bậc thân hào đứng ra sửa. Đến năm Thành Thái thứ 12 (1900) thì hoàn thành.Đến với Thánh Mẫu tại Phủ Dầy mà không thể đến đủ 3 di tích: Phủ Tiên Hương, Phủ Vân Cát, Lăng Thánh Mẫu thì coi như chưa đến với đất Phủ Dầy.